El plan de estudios a seguir es el avalado por la SEP, enriquecido con programas de ciencia respaldados por CONCyTEP, esto busca desarrollar en los estudiantes familiaridad con las materias del área de ciencias exactas.
Materias extracurriculares de gran importancia son el Desarrollo de las Habilidades del Pensamiento y Robótica que buscan estimular habilidades como la deducción, percepción, racionalidad y criticidad en los alumnos además del manejo amigable de disciplinas como la Física, la Química, la Electrónica, la astronomía y las Matemáticas.
El Instituto Francisco Esqueda busca el desarrollo integral de sus alumnos por lo que se imparten talleres artísticos como: danza regional, baile de salón, dibujo, pintura, escultura, modelado, teatro y música.
Se promueve la participación de los estudiantes en concursos académicos, resaltando las Olimpiadas de Química, Biología y Matemáticas, además del Concurso Estatal del Consejo de Ciencia y Tecnología y la Semana de las Ciencias de la Academia Mexicana de la misma disciplina, auspiciada entre otras Instituciones por la Vicerrectoría de Investigación de la BUAP, que resultan excelentes plataformas para nuestros estudiantes que por excelencia ocupan los primeros lugares tanto a nivel estatal como nacional.
Las actividades deportivas complementan de manera preponderante la formación integral que se busca desarrollar en nuestros alumnos.
Los alumnos pueden participar en algunas de las actividades extracurriculares como: grupo musical, coro, banda de guerra, club de ciencia, club de astronomía, talleres, exposiciones y actividades de difusión científica.