La excelencia educativa que ha logrado la Institución a lo largo de su vida educativa ha dado como resultado la vinculación con diferentes instituciones, tanto de educación superior como de Investigación, a consecuencia de demostraciones de calidad académica como lo es nuestra Jornada de Ciencias y varios primeros lugares estatales y nacionales en las diferentes olimpiadas académicas. Como resultado de lo anterior podemos destacar los siguientes:
El convenio de colaboración con la Universidad Tecnológica de Puebla que tiene la finalidad principal de otorgar pase preferencial a los egresados del bachillerato a la opción de educación superior que representa esta Universidad además de impartir diplomados y estudios de posgrado a los docentes de la Institución y brindar su apoyo a los programas académicos del Instituto Francisco Esqueda.
Con la Universidad del Valle de México campus Puebla se obtuvo un convenio de colaboración para el otorgamiento de becas de excelencia para aquellos alumnos que por su dedicación requieran de un apoyo para llevar a cabo su formación profesional en los programas de licenciatura que imparte la UVM., pudiendo de esta manera optar por diferentes porcentajes de beca según el aprovechamiento que hayan logrado.
La Universidad Cuauhtémoc campus Puebla también ha distinguido al Instituto Francisco Esqueda, con un programa de becas de excelencia para alumnos egresados del Bachillerato de esta Institución que por su trayectoria académica se hagan merecedores de diferentes apoyos de acuerdo a los promedios obtenidos a lo largo de su educación media superior.
El Consejo Estatal de Ciencia y Tecnología, a través del Dr. Jaime Díaz Hernández, ha reconocido el programa de ciencias de nuestra Institución, participando activamente en nuestros eventos académicos e invitando a los alumnos del Instituto Francisco Esqueda a eventos como la semana de la Academia Mexicana de las Ciencias y el concurso de ciencias organizado por CONACYT
Por otra parte también se ha logrado la vinculación con el Instituto Nacional de Óptica Astrofísica y Electrónica (INAOE), la Institución Científica Mexicana con mayor impacto en el ámbito internacional; Institución que ha apoyado incondicionalmente el programa de ciencias de nuestra Institución, en concreto la Jornada de Ciencias, y que nos ha honrado con la invitación a participar en la organización de la Feria Internacional de Lectura y las Ciencias a desarrollarse en febrero del año próximo, evento reconocido no sólo a nivel nacional.